Senato Kararı

Toplantı Tarihi : 21 Haziran 2012 Perşembe

Toplantı Sayısı : 8

Karar No : 10

Üniversitemiz Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Seçmeli Dersler Havuzuna, 2012-2013 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren okutulmak üzere ?Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji (2+0) 2? dersinin eklenmesine ilişkin Eğitim-Öğretim Komisyonunca hazırlanan 25 Mayıs 2012 tarihli rapor görüşüldü:

Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Seçmeli Dersler Havuzuna, 2012-2013 Eğitim-Öğretim Yılından itibaren okutulmak üzere ?Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji (2+0) 2? dersinin eklenmesinin aşağıdaki şekliyle uygun olduğuna mevcudun oy birliği ile karar verildi.

TRAKYA ÜNİVERSİTESİ

BİYOLOJİ BÖLÜMÜ DERS TANITIM FORMU

Fizik 1

Dersin Adı	Kodu	Yarıyılı	ECTS Kredisi	Kredisi	Teorik	1
					Uygulama	0
Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji		Bahar		3	Laboratuvar (Saat/Hafta)	2

Dersin Dili	Türkçe
Dersin Türü	Lisans
Ders Verme Aracı	Power point sunulu anlatım
Dersin Koordinatörü
Dersin İçeriği	Mikrobiyolojinin moleküler esaslarının güncel yöntemlerle irdelenmesi ve uygulamaları
Dersin Amaçları	Moleküler mikrobiyolojinin modern esaslarının kapsanması, yeni araştırma tekniklerinin bu amaçla kullanımının açıklanması; Mikroorganizmaların özelliklerinin moleküler düzeyde incelenmesi ve bu alanda kullanılan güncel yaklaşımların irdelenmesi
Dersin Çıktıları (Bölüm Çıktıları esas alınarak öğrenciye dersin kazandıracağı bilgi ve beceriler)	Derse özgü sonuçlara dayanarak öğrencinin aşağıdaki hedeflere ulaşması beklenmektedir: (1) Mikroorganizmaların moleküler biyolojisinin önemli özelliklerinin tanımlanması ve anlaşılması; (2) Patojen mikroorganizmaların moleküler düzeyde konak hücreleriyle ilişkisi, yapışması ve hücre içi yaşamının anlaşılması, kronik infeksiyonların oluşma mekanizmasının tanımlanması; (3) Mikroorganizmaların konak bağışıklık sisteminden kurtulma mekanizmalarının anlaşılması; (4) Mikroorganizmaların birbirleriyle ilişkilerinin açıklanması ve pozitif-negatif sinyallerin tanımlanması, antibiyotik sentezinin moleküler mekanizmaları; (5) Antimikrobiyal ilaç etki prensiplerinin tanımlanması ve bunların özgül mikrobiyal metabolizma hedeflerine etkilerinin anlaşılması. (6) Mikroorganizmaların fizyolojik, biyokimyasal işlevlerinin moleküler genetik esasları (6) Mikroorganizmaların tanısında kullanılan güncel mikrobiyoloji araştırma tekniklerinin öğrenilmesi (7) Öğrencinin derste edindiği bilgilerin gelecekte alacağı mikrobiyoloji ile ilgili derslerde anlatılacak konulara güncel yaklaşım getirmesi beklenmektedir.
Dersin Kitapları / Notları	Ders notları, power point sunum çıktıları
Yararlanılacak Diğer Kaynaklar	Referans olarak ve dersin bazı konuları için aşağıdaki kitaplar önerilmektedir: 1. Madigan, M., Martinko, J. & Parker, J Brock?s Biology of Microorganisms, Pearson Education (2008) 2. Pelczar M., Chan E.C.S., Krieg N.R. Microbiology : Concepts and Applications, Mc Graw Hill (2007) 3. Pershing D., Smith T., Tenover F.S., White T.J. Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications ASM. (1993).

Ön Koşul Dersleri
Ön Koşul Konuları	Öğrencilerin Moleküler Biyoloji, genetik ve mikrobiyoloji ile ilgili dersleri almış olması beklenmektedir.
Ödev ve Projeler	Dersin bir parçası olarak, öğrenciler sınıfta sunum yapacaklar ve bu sunumu yazılı makale /rapor formatında teslim edeceklerdir. Öğrenciler tercih ettikleri konuyu verilecek listeden seçmekte serbesttir, seçilen konuların listesi hazırlanacak ve kesinleştirilecektir. Her sunum konusuna kılavuz olacak makaleler derste dağıtılacaktır ve bu makale öğrencinin sunum konusunu araştırması için başlangıç noktası olacaktır. Sunum hazırlığı için derste rehberlik sağlanacaktır. Bu sunumun notu ders notunun bir parçası olarak final notuna etki edecektir. Ders sunumunun yazılı formunun teslim tarihi belirtilecek ve tüm öğrencilerin bu tarihe uymaları beklenecektir. Öğrenciler başka kaynaklardan bilgi ve fikir alıntıları yaptıklarında kullandıkları kitap, makale gibi yazılı kaynakları yazdıkları ödevlerde numara ile bildirerek sonunda kaynakça formatında listeleyeceklerdir. Basılı materyallerden doğrudan alıntılar tırnak içinde yazıda belirtilecektir.
Laboratuvar Deneyleri	Ders planında laboratuar uygulamaları verilmiştir.
Bilgisayar Kullanımı	İnternet kullanımı ve kaynak araştırması gereklidir.
Diğer Uygulamalar

Başarı Değerlendirme Sistemi		Adedi	Etki Oranı,%
	1. Vize	1	20
	Deney raporları	4	20
	Yazılı final sınavı	1	60

Ders Gruplarına Göre Ders Kredisinin Dağılımı,%

HAFTALIK DERS PLANI

Hafta
1	Moleküler mikrobiyolojiye giriş ,tarihçesi ve gelişimi
2	Moleküler mikrobiyolojide kullanılan elektroforez ve transfer teknikleri: agaroz, SDS-PAGE, pulse field, 2-D, immunelektroforez , Western , Southern, Northern blotlama
3	Öğrenci uygulaması: laboratuarda PCR kullanımı ve elektroforez tekniklerinin uygulanması
4	Otonom DNA manipülasyonu: plazmidler, bakteriyofajlar ve kullanımları
5	Öğrenci uygulaması: Sineklerden faj DNA?sının izolasyonu ve moleküler yöntemlerle yapısının elektroforetik olarak incelenmesi
6	Plazmidler ve kullanım alanları
7	Öğrenci uygulaması: Plazmidlerin restriksiyon enzimleriyle kesilmesi, ligasyonu; rekombinant plazmid yapımı
8	Öğrenci uygulaması: Rekombinant plazmidlerin seçimi: raportör genler ve antibiyotik direnç genleriyle moleküler işaretleyicilerin kullanımı
9	Antikorlarla işaretleme yöntemleri: FISH (floresan in situ hibridizasyon) ile DNA, RNA ve ürünlerinin işaretlenmesi
10	Öğrenci uygulaması: FISH yönteminde kullanılan mikroskopi ve hibridizasyon tekniklerinin öğrenilmesi
11	Moleküler epidemiyoloji teknikleri: filogenetik analiz yöntemleri
12	Hayvan virüslerinin patogenez mekanizmaları, replikasyon ve infeksiyon modelleri
13	Antimikrobiyaller, mikroorganizmalar üzerinde ilaç etkisi ,antimikrobiyallere direnç ve moleküler direnç mekanizmaları
14	Aşılar, rekombinant aşı tasarımı
	2.

Düzenleyenler

Tarih

29.05 2012

Fizik 1

Dersin Adı	Kodu	Yarıyılı	ECTS Kredisi	Kredisi	Teorik	1
					Uygulama	0
Applied Molecular Microbiology		Spring	4	3	Laboratuvar (Saat/Hafta)	2

Dersin Dili	Turkish
Dersin Türü	Elective
Ders Verme Aracı	Power point presentation
Dersin Koordinatörü
Dersin İçeriği	Molecular aspects of microbiology
Dersin Amaçları	(1) To establish a broad coverage of modern aspects of molecular microbiology, to explain the utilization of new research techniques for these purposes; (2) To establish an understanding of the principles underlying modern molecular mechanisms related to microbial pathogenesis and the genetic basis of some features of microorganisms..
Dersin Çıktıları (Bölüm Çıktıları esas alınarak öğrenciye dersin kazandıracağı bilgi ve beceriler)	3. The subject-specific learning outcomes are such that, at the end of the course, students should be able to: (1) To describe and understand the major features of pathogens; (2) To understand the basic features of virus replication of animal viruses at the molecular level with specific reference to the molecular pathogenesis of emerging viruses; (3) To describe how microorganisms interact with their environment to both grow and survive external stress; (4) To describe at the molecular level how pathogenic microorganisms interact , adhere and survive within the host cell, to understand the mechanisms by which chronic infections can develop. (5) To understand the mechanisms by which microorganisms can survive the immune defense of the host. (6) To describe how micro-organisms interact with each other when growing in mixed populations and to describe positive and negative signaling between microorganisms in the environment; (7) To understand how bacteria grow and develop including the process of cell division and spore formation. (8) To understand the process of DNA replication and how the process is regulated in complex intracellular environments. (9) To describe the general principals of antimicrobial drug action and how these can target specific aspects of mcrobial metabolism as a means of treatment. (10) It is be expected that the information acquired by the student in this class may bring a new insight to the course subjects related to the microbiology which may be taken in the future.
Dersin Kitapları / Notları	Lecture notes, print outs of the power point presentations
Yararlanılacak Diğer Kaynaklar	The following books are recommended for reference and for further reading on selected aspects of the course: 1. Madigan, M., Martinko, J. & Parker, J Brock?s Biology of Microorganisms, Pearson Education (2008) 2. Pelczar M., Chan E.C.S., Krieg N.R. Microbiology : Concepts and Applications, Mc Graw Hill (2007) 3. Pershing D., Smith T., Tenover F.S., White T.J. Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications ASM. (1993).

Ön Koşul Dersleri
Ön Koşul Konuları	Students are expected to be taken undergraduate courses of Molecular Biology, Genetics and Microbiology.
Ödev ve Projeler	As part of the course all students will be expected to present a power point in-class presentation and submit an assay form of this presentation .Students will be able to select their preferred essay topic from a list distributed during the introductory lecture of the course and the final assignments of the topics will be distributed shortly after. For each essay topic a key reference is provided and this will form the starting point for the student to research the essay topic. Guidance will be provided during the introductory lecture on the preparation of the essay. The marks for this essay will form part of the continuous assessment for this course. The dates for the submission of the course work are noted in the course timetable and students are expected to follow these submission dates without exception. If students use information or ideas obtained from textbooks or other published material a precise reference must be given to the source both at the appropriate point in the narrative and in a list of references at the end of the work. Direct quotations from published material should be indicated by quotation marks and referenced in the text.
Laboratuvar Deneyleri	Lab practices are listed in the curriculum
Bilgisayar Kullanımı
Diğer Uygulamalar

Başarı Değerlendirme Sistemi

Adedi

Etki Oranı,%

In-class midterm exam

Lab reports

Kararı Yazdır